1、房屋性質不同：二類經濟適用房是針對低收入者而建造的房屋，由國家安排建造，一般采用行政劃撥的方式，具有一定的保障性質；而商品房則是由開發商自行建造，面向所有群體出售，不具備保障性質。
2、配套政策不同：如果購買二類經濟適用房，可以享受到我國的很多政策；而商品房則沒有這么多優惠政策可以享受。
3、交易費用不同：二類經濟適用房交易時需按照房屋成交價格的3%繳納土地出讓金，但商品房正常出售即可，不需要交土地出讓金。
經濟適用房可以抵押銀行貸款嗎？
經濟適用房是不可以直接在銀行抵押貸款的，因為經濟適用房本身就是受到了國家的照顧而得到的房屋，比如說房價，相對于其他的住房房價來講，經濟適用房的房價會低一些，所以在五年以內經濟適用房是不能夠用來抵押貸款的，可以在五年之后補交了房間的價格差距，再將其轉換為貸款的產品房之后，才能夠使用經濟適用房來抵押貸款。
經濟適用房是根據國家經濟適用住建筑計劃安排的建設的住宅，在別的國家和地區一般都被稱作公共房屋，它是具有社保性質的商品住宅，有兩個基本特性，一個是經濟性，一個是適用性。
其中的經濟性指的是經濟適用房的價格，相對于市場上面的整體房間價格來講，它的房價是比較低廉的，能夠讓中低收入家庭承擔起，而其中的適用性指的是在住房的設計上面能夠增強經濟適用房的使用效果。
經濟適用房的政策明確規定了是不允許抵押貸款的，因為借款的人擁有的經濟適用房產只能是居住，但是沒有出售的權利，更不能將其押給銀行申請貸款。
從銀行的角度來講，經濟適用房銀行也是沒辦法受理進行貸款的。因為經濟適用房本身就是由政府投資建設的，購買的人群一般都是中低收入人群，經濟情況本身就不是很穩定。如果在還款期間出現了他們經濟出現問題的話，銀行就要承擔很大的風險。
另外，如果銀行本身對沒有滿足五年的經濟適用房進行抵押貸款的話，那么它就違反了國家的相關規定，這本身屬于違規操作，同時，也違背了國家要當初開發經濟適用房的初衷。
從上市交易上面來看，因為經濟適用房本身就是比較特殊的，加上政策上面的規定，這使得經濟適用房很難以交易類或者非交易類的貸款形式出現在房貸市場上面，所以更不能成為抵押物作為貸款抵押項目。
在銀行利用房產來抵押貸款是有條件的，比如說房屋的抵押貸款要求房屋的年限是在20年之內的，房屋的整體面積需要大于50㎡，房屋的抵押貸款額度是房屋評估值的價格的百分之七十，一般情況下，房齡和借款人的年齡是由限制的，男性是不能超過65歲的，女性是不能超過60歲的。
根據我國相關的法律規定，經濟適用房的產權是屬于個人的，這是有房產證作為證明的，但是一般情況下經濟適用房要再等五年之后才能夠實現上市交易，所以如果想要用經濟適用房來進行貸款的話，就必須要在住滿五年，然后向房管局補交出土地的出讓金才能夠獲得貸款的條件。
