1、產權原因：因為商品房是有正規的合法產權，可以辦理房屋產權證，同時還可以申請貸款購買；而自建房的話，有部分可能會存在產權問題，而且無法辦理產權證，也不能申請貸款購買。
2、屬性原因：自建房只能用來居住，只有居住屬性；而商品房不僅可以居住還能夠出售，還兼具投資屬性。
國有土地自建房與商品房區別
1、土地性質不同，自建房一般是用的村里的集體土地，商品房用的是國有土地出讓地。
2、房屋所有人，自建房所有人肯定是建房者自己;而商品房是屬于開發商,再售賣辦證后才屬于購房者。
3、使用年限不同，商品房住宅的使用年限一般是70年，宅基地的使用權一般是永久的。
4、買賣限制不同，商品房是可以在市場自由交易的，而農村自建房只能賣給同村也就是同一個集體的村民。
5、報建審批程序，農村是集體所有制土地,你是本村的人,就有土地所有權,村集體同意,國家土地部門備案后,你就可以自建房;商品房則是在開發商拍下土地后,通過政府審核相關報建資料、設計資料等文件后允許建房,達到可銷售程度后方能上市銷售的房子。
商品房和自建房哪個好？
1、房價
在城里買個商品房，有了自己的房子就不需要天天擔心房租上漲和搬家的煩惱。可是，買房除了付大筆首付款外，還要每月還貸款。用二、三十年時間還完貸款后，你所還總額可能已經是房價的一倍還多，很耗時。而在老家宅基地上自建房，你可以只花三、四十萬就能搞定了 。
2、戶型
在城里花巨款買到的房子可能只是個樓層很差，面積很小，已經不剩幾十年產權的公寓房，而且戶型不一定適合你的家庭情況。而在農村老家宅基地上，你不僅可以建個大別墅，還可以有個像樣的院子，這在城市里是很難實現的。
3、升值
很多人認為城里的房子升值快，買房與不買房10年后財富的差別將會很驚人，有了房子，將來老了想回農村養老，房子很快可以變現。但在北上廣一線城市里，房子已經是天價很難買的起。而在二三線城市，很多地方因為過度建房，庫存難以消化，房價很有可能有下跌。而農村宅基地越來越稀有，其價值也就顯而易見了。
4、生活條件
在城里買房最大的好處就是城里教育、醫療條件比農村好。但是價格很高。另外在城市里生活一個最不利的因素就是交通條件很糟糕，到哪兒去都很堵車，沒地方停車。買個房子沒地方停車，一個停車位的價錢都夠在農村建個房子了，而在農村你可以建個車庫。
5、生活環境
城市的環境就不多說了，霧霾在短期內恐怕難以攻克。據說，因霧霾致癌的而死亡的人數每年都在增加。在農村青山綠水間，不但空氣新鮮，而且吃的瓜果蔬菜也都是最新鮮的，在未來幾十年內，中國將處在老齡社會，農村將成為大家爭奪的地方。
