1、商標資質不同：
如果入駐或者購買天貓旗艦店，一定是自己持有商標，這個商標是國家頒發的;而如果是入駐或者購買天貓專賣店，則不一定會自己持有該商標，僅需要該商標的持有者出具授權認證書即可;
2、經營類目范圍不同：
天貓旗艦店可以售賣同一個商標品牌下的所有產品;而天貓專賣店只能經營單一產品類目下的產品;
3、網店名稱不同：
除了旗艦店和專賣店的名稱差別外，旗艦店通常為某品牌的官方旗艦店，而專賣店則是某品牌專賣店;
4、運營主體不同：
嚴格意義上說，專賣店的運營公司只是購買到了品牌的商標授權，而旗艦店則是自有商標、品牌的企業。
官方旗艦店吧，百分百沒有假貨略貴一點點。專賣店有些優惠是官方旗艦店沒有的，比如贈些小玩意什么的，價錢也略微便宜些。
專賣店可以說是代理賣的，從廠家大量拿貨賣能優惠進貨的。
官方旗艦店就是品牌廠的直接銷售點不需要倒手的。
天貓專賣店和官方旗艦店的區別是什么？
1、品牌差異問題
旗艦店：自有品牌企業(品牌必須向所有人或所有人的法定代表人申請開業)。如果有自己的品牌，只經營自己品牌的產品，一定要開旗艦店，這會給你帶來更多的流量，同時也會提升購買轉化率。
天貓專賣店：需要品牌所有者或公司正式授權。
2、類目和授權不同
旗艦店：天貓旗艦店可以經營相同品牌，包含所有產品的相同類別，或者可以將更多自有品牌的產品和品牌經營到相同的實際控制范圍。
天貓專賣店：天貓店鋪可以針對具有相同類目的的所有品牌產品的授權，也可以對多個具有相同實際控制權的授權銷售品牌產品進行銷售
3、商標歸屬不同
旗艦店：國家商標局頒發的商標注冊證或者商標受理通知書，即注冊商標。
天貓專賣店：品牌擁有者簽發商標注冊證書應由國家商標局頒發，企業申請開設店鋪必須有品牌擁有者簽發正式授權書，授權書受地域限制，如果品牌擁有者對于個人，需要提供身份證并在授權書上簽名。
4、旗艦店店鋪由品牌正式運營，直接供貨管理。
品牌被授權給其他公司后，品牌不會變，現在有很多天貓店都是通過授權方式經營的，比較普遍。
在海外公司注冊，需要有您的注冊信息，在天貓開店還需要提供營業執照授權。
